Princip metody CD Strip Assay

Princip stanovení mutací pomocí StripAssay® kitu je založen na ARMS (Allele Specific Amplification ) technologii, která detekuje bodové mutace nebo malé delece v DNA. Systém je založen na pozorování, že DNA/DNA hybridy pospojované "mismatched" (nedokonalé spárování) na jejich 3' konci nejsou vhodnými substráty pro působení Taq DNA polymerasy. Toto důležité pozorování bylo využito k vývoji systému diferenciální amplifikace. ARMS test se skládá ze dvou samostatných reakcí, z nichž jedna je specifická pro normální DNA sekvenci a druhá pro sekvenci s mutací. Do jednoduchého ARMS testu musí být zařazena vnitřní PCR kontrola, aby byla jistota, že amplifikační reakce probíhá správně. Kit kombinuje několik ARMS reakcí do dvou multiplexových (několikanásobných) ARMS testů.

Celý proces se skládá ze tří kroků: (1) izolace DNA, (2) PCR amplifikace s biotinylovanými primery, (3) hybridizace amplifikovaných PCR produktů na testovacím stripu (proužku), který obsahuje alelicky specifické oligonukleotidové sondy imobilizované na stripu ve vodorovných proužcích. Navázané biotinylované sekvence jsou poté detekovány pomocí streptavidin- alkalické fosfatázy a barevného substrátu tohoto enzymu.

Kit detekuje 34 mutací a 1 polymorfismus v CFTR genu:

CFTRdel2,3 (21kb), I507del (-ATC), F508del (-CTT), 1717-1G>A, G542X, G551D, R553X, R560T, 2143delT, 2183AA>G, 2184delA, 2184insA, 2789+5G>A, R1162X, 3659delC, 3905insT, W1282X, N1303K [Teststrip A];

G85E, 394delTT, R117H, Y122X, 621+1G>T, 711+1G>T, 1078delT, R334W, R347H, R347P, A455E, 1898+1G>A, 3120+1G>A, 3272-26A>G, Y1092X, 3849+10kbC>T, IVS8 5T/7T/9T [Teststrip B].

Zdroj : www.pentagen.cz

Seznam mutací a polymorfismů na stripu A a B:

O laboratoři

Pro odbornou veřejnost

Pro pacienty a samoplátce

Součásti institutu

Adresa laboratoře

Institut reprodukční medicíny a genetiky s.r.o.

Laboratoř lékařské genetiky

Bělehradská 14, 36001 Karlovy Vary

Telefony:

Objednání: 353 433 966, 353 433 958

Laboratoř: 353 433 967

Mapa se situováním laboratoře